تختلف الأسباب باختلاف نوع الالتهاب كالآتي:

1. أسباب التهاب المثانة
تكون أسباب التهاب المسالك البولية بسبب دخول جراثيم إلى الجهاز البولي من خلال الإحليل، ثم تبدأ بالتكاثر في المثانة.

المسبب لالتهاب المثانة في معظم الحالات هي جرثومة الإشريكية القولونية (Escherichia coli)، هذا النوع من البكتيريا موجود في الجهاز الهضمي والأمعاء.

2. أسباب التهاب الإحليل
الأمراض المنقولة جنسيًا (STD – Sexually transmitted diseases)، مثل:

• فيروس الهربس البسيط (Herpes simplex).
• داء السَّيَلان (Gonorrhea).
• داء المُتَدثّرات (Chlamydiosis).
  عوامل خطر التهاب المسالك البولية
  هنالك أشخاص هم أكثر عرضة من غيرهم للإصابة بالتهابات المسالك البولية، مثل:

الجنس
حوالي نصف الإناث يُصبن بالتهابات المسالك البولية في مرحلة من مراحل حياتهم، وبعضهن يُصاب بالالتهاب أكثر من مرة واحدة.

السبب الرئيسي لذلك هو المبنى التشريحي لجسم الأنثى، حيث أن الإحليل في جسم الأنثى أقصر منه في جسم الذكر، مما يجعل المسافة التي يتعين على البكتيريا أن تقطعها من أجل الوصول إلى المثانة أقصر.

استخدام بعض وسائل منع الحمل
النساء اللواتي يستخدمن العازل الأنثوي لمنع الحمل (Diaphragm) هن أكثر تعرضًا لخطر العدوى بالتهاب المسالك البولية من النساء اللواتي يستخدمن مبيد النِّطاف (Spermicide) كوسيلة لمنع الحمل.

السن
بلوغ سن اليأس (Menopause) أو سن انقطاع الحيض (Amenorrhea)، تُصبح التهابات المسالك البولية أكثر شيوعًا، لأن أنسجة المهبل، والإحليل، وقاعدة المثانة تُصبح أرقّ وأضعف بسبب فقدان هُرمون الإستروجين (Estrogen).

أمراض أخرى
هناك بعض الأمراض المسببة لالتهاب المسالك البولية:

اضطرابات المسالك البولية، مثل:

حصى الكلى.
مرض السكري (Diabetes).
الأمراض المزمنة الأخرى التي يمكن أن تعيق عمل الجهاز المناعي (Immune system).
الاستخدام المطول للقثاطير (Catheter) في المثانة.