هناك بعض العوامل التي تُسبب خطورة لحدوث عدوى الكلى ومنها:

• أن يكون المريض أنثى القناة البولية لدى السيدات أقصر منها عند الرجال، وهذا ما يجعل مهمة البكتيريا سهلة عند اختراق القناة البولية خارج الجسم حتى تصل للمثانة، كما أن المسافة القريبة بين عضو القناة البولية والمهبل وفتحة الشرج، تخلق فرص أكثر للبكتيريا في التسلل للمثانة وإحداث عدوى. وبمجرد دخول البكتيريا المثانة، فإنها تنتشر حتى تصل للكليتين. والحوامل أيضاً دائمًا في حالة خطر شديد من حدوث عدوى الكُلى.
• وجود انسداد في المجرى البولي ويشمل هذا أي شيء قد يُسبب بطيء في حركة البول، أو تقليل قدرة المثانة على تفريغ البول عند التبول كـ الحصوات الكلوية، أو شيء غير طبيعي في تركيب المجرى البولي، كـ تضخم البروستاتا عند الرجال مثلًا.
• ضعف الجهاز المناعي حدث هذا عند إصابة الجسم ببعض الأمراض التي تُسبب ضعف الجهاز المناعي كـ مرض السكري، والإيدز. وأيضًا في حالة تناول بعض الأدوية كتلك التي تمنع حدوث رفض الجسم للكُلى المزروعة.

• تدمير الأعصاب حول المثانة أي تلف لأحد الأعصاب أو الحبل الشوكي، فإنه قد يُسبب فقدان المثانة للإحساس بالالتهاب أو العدوى، مما يجعلك غير مدرك عند حدوث تطور في الإصابة بعدوى الكُلى.
• استخدام قسطرة البول قسطرات البول هي أنابيب تستخدم في تفريغ البول من المثانة، فبعد العمليات الجراحية أو الاختبارات التشخيصية قد يلجأ المريض لوضع قسطرة البول، وبالتالي ينبغي عليه استخدام واحدة فقط بشكل مستمر مادام سيظل ملازم للفراش.
• بعض الحالات التي تغير تدفق البول في بعض حالات ارتجاع البول، قد تعود كميات صغيرة من البول من المثانة إلى الحالب أو الكليتين، وبعض الأشخاص يعانون من هذه الحالة مما يُزيد فرصة إصابتهم بعدوى الكُلى أثناء مرحلة الطفولة أو البلوغ.