تختلف العيوب الخلقيه في المسالك البولية باختلاف الأعضاء المصابة:

? نقص إحدى الكليتين – (1:1100-1500)، هذه الظاهرة أكثر انتشارا لدى الأولاد منها لدى البنات. السبب وراء حدوث هذا العيب هو حصول خلل خلال تكون الحالب (ureter).
من العيوب الخلقية المرافقة: لدى الأولاد – خلل في نشوء الأعضاء المرتبطة بالجهاز التناسلي، مثل الأسهر (القناة الناقلة للمني – vas deferns). ولدى البنات – عيوب في الجهاز التناسلي خصوصا في الرحم (uterus) أو البوق (fallopian tube). 
يمكن لكلية سليمة واحدة أن تكفي للعيش بصورة طبيعية، لكنها ستبذل جهدا كبيرا.
? الكلية المتعددة الكيسات، نتيجة لخلل تنسجي (Multicystic Dyplastic Kidney – MCDK) – (1:400) هي كلية غير قادرة على أداء عملها نتيجة لكونها مؤلفة من “عنقود”كيسات صغيرة وحالب (ureter) مصاب بالتنكس (degeneration). في الغالب يكون هذا العيب في جهة واحدة. في 38% من الحالات، يكون هذا العيب مصحوبا بعيوب أخرى في المسالك البولية، مثل الجزر (الجريان الرجوعي – reflux).
بشكل عام، يختفي هذا المرض تلقائيا في ثلث الحالات، وفي ثلثها الآخر يخف بشكل ملحوظ، وفي ثلثها الأخير يبقى الأمر كما هو، دون تغيير. 
في حالات نادرة جدا يتم إجراء عملية لاستئصال المنطقة المصابه نتيجة لكبر حجمها الذي يسبب ضغطا على الأعضاء المجاورة.
? الكلية ذات جهاز التجميع المضاعف – (0.8%)، هي كليه تحتوي على جهازي تجميع (كل كلية تحتوي على حوض وحالب خاص بها) منفصلين، في الطرف العلوي والطرف السفلي، سواء كانا منفصلين بشكل دائم، أو أنهما تلتقيان في حالب واحد قبل الدخول إلى المثانة.
لا تتساوى مساهمة طرفي الكلوة في أدائها، ففي حين يعتبر الطرف العلوي أصغر حجما ويساهم بنحو ثلث العمل، يساهم الطرف السفلي بثلثي العمل. نتيجة لأسباب تتعلق بنمو الجنين وعملية بناء الحالب، من الممكن أن يكون الحالب الذي يصرف الجانب العلوي مسدودا، أو أن يقوم بتفريغ محتواه في مكان غير صحيح، بينما من الممكن أن يكون الحالب السفلي أكثر عرضة لحدوث الجزر (اٍرتجاع السوائل).
? الكلية الحذويه (حذوة الفرس) – (1:400، أكثر لدى الذكور)، تعني هذه التسمية التحام الطرفين السفليين في الكليتين، منذ الولادة، بشكل يشبه حذوة الفرس. في 33% من الحالات يكون هذا التشوه مرتبطا بوجود تشوهات أخرى في المسالك البولية.
? الكلية المنتبذة (ectopic kidney) – (1:500-1200)، هي كلية موجودة في مكان غير مكانها الطبيعي، كالحوض أو القفص الصدري. تكون هذه الكلية سليمة من الناحية الأدائية، لكنها بالمقابل أكثر عرضة للإصابة بالاذي.
? مَوَهُ الكلية (Hydronephrosis – الارتجاع البولي في الكلية) – هو اتساع في جهاز التجميع الكلوي (الحوض، الكؤوس الكلوية المصرفة للبول ). من السهل تشخيص هذا الخلل بواسطة فحص فائق الصوت (ultrasound)، وحتى خلال الفحوصات التي يتم إجراؤها كجزء من متابعة الحمل قبل الولادة.
(يشكل هذا الخلل نسبة 50% من مجمل العيوب التي يتم التبليغ عنها في هذه الفحوصات). 
في غالبية الحالات يكون الحديث عن توسع بسيط وغير كبير، ومن الممكن الاكتفاء بمتابعته ومراقبته فقط. بالمقابل، في قسم من الحالات، يشير هذا التوسع إلى تضيّق في مخرج حوض الكلية، والذي من شأنه أن يؤدي لخلل في عمل الكلية إذا لم يتم إصلاحه بعملية جراحية.