توجد العديد من اضرار المضادات الحيوية بسبب بعض التصرفات الخاطئة وسوء استخدام المضاد الحيوي ، وهي كالتالي: سوء استخدام المضاد الحيوي، يعني أن تناول المضاد الحيوي لا يفلح مع بعض الأمراض الفيروسية مثل الأنفلونزا والتهاب الحلق وغيرها من الأمراض الفيروسية. تأخذ المضاد الحيوي عندما يكون لديك عدوى فيروسية بالفعل، فالمضاد الحيوي مازال يقاوم البكتيريا في جسمك، البكتيريا المفيدة أو التي لا تسبب المرض ، وبهذا تعزز من مقاومة البكتيريا المسببة للمرض مثل بكتيريا المكورات العنقودية المسببة لالتهاب الحلق ، ويعرف هذا بهدر العلاج.  تناول المضادات الحيوية بكثرة والإفراط في التناول يسبب مقاومة البكتيريا للمرض، فالإفراط في تناول المضادات الحيوية يسبب تطور البكتيريا داخل جسمك ويعزز من مقاومة البكتيريا للدواء. بعض الأشخاص يسيئون استخدام المضاد الحيوي مثل شرائه مباشرةً من الصيدلية دون معرفة عدد الجرعات المناسبة لهم.