– قد تحدث الإصابة بالتهاب المسالك البولية بسبب وجود جراثيم أو حصوات. في حالة الإصابة بالجراثيم، غالبًا ما تحدث بسبب الإصابة بالجرثومة القولونية والتي توجد في البراز بشكل طبيعي فتتحرك من مكان إخراج البراز إلى فتحة البول.
– وقد يحدث هذا إما بسبب تأخر الأم في تغيير الحفاظات في حالة الرضيع من المصابين أو بسبب عدم النظافة الجيدة من الأم للطفل أو بسبب عدم التنظيف باتجاه من الأمام للخلف وغير ذلك. وهو ما يظهر السبب وراء زيادة نسبة الإصابة في الفتيات لقصر المسافة بين فتحتي البول والشرج عكس الصبيان من الأطفال. 
– بالنسبة للصبيان والذكور من الأطفال، فإن عدم الختان يزيد من الإصابة بها لتجمع الجراثيم وراء الحشفة الجلدية. 
– أما بالنسبة لانسداد المسالك البولية في الاطفال فعادة ما تكون بسبب عيب خلقي أو ورم أو وجود حصوات (كثيرًا ما يكون بسبب قلة شرب المياه، ما يفقد الكلى القدرة على تنقية الدم جيدًا فتتراكم الأملاح وتكوّن الحصوات الكلى أو بسبب خلل في الكلى) وهو السبب الظاهر في عالم البالغين أيضًا.